Samostan i crkva sv. Marije vjerojatno postoji od 14. stoljeća, odnosno od uspostavljanja Bosanske vikarije. Bila je četvrtastog oblika i smještena u središtu Srebrenice. Ostali važni samostani ovoga kraja bili su u Zvorniku, Ljuboviji i Teočaku. Svi su oni srušeni tijekom 15. stoljeća dok se srebrenički održao iza 1690. godine. Gradnja samostana vezana je uz dolazak i naseljavanje hrvatskih trgovaca iz dubrovačkih krajeva u ovaj rudno-trgovinski kraj. Za njima su, kao njihovi dušobrižnici, došli franjevci. Izgradili su prvi franjevački samostan u Bosni i Hercegovini za koji se kaže da je rasadnik svih drugih samostana u našoj državi. U njemu su se neko vrijeme odgajali budući franjevci. Godine 1686. samostan zauzimaju Osmanlije koji su ga ubrzo spalili.
Osamdesetih godina prošloga stoljeća je na području Klise, započela gradnja naselja. Tom su prilikom otkriveni temelji franjevačke crkve. Prigodom 720. obljetnice dolaska franjevaca u Srebrenicu, na temeljima Crkve je 1991. godine sagrađena kapela sv. Marije. Kapela je tijekom zadnjega rata uništena, a obnovljena je i u posjed fratrima vraćena 2001. godine. U blizini je sagrađen objekt za potrebe župe i smještaj župnika.
