Dok su krstjani Crkve bosanske živjeli po selima i manjim naseljima, franjevci su boravili u trgovačkim, gradskim i prigradskim naseljima i tu gradili crkve i samostane.
Kako je bujan život Bosanske vikarije bio već u 14. st. svjedoči nam prvi sačuvani popis svih franjevačkih provincija, vikarija, kustodija i samostana Bartolomeja Pizanskoga, pisan od 1385. do 1390. godine. Podatke za Bosansku vikariju preuzeo je iz izvještaja bosanskoga vikara Bartola Alvernskoga za generalni kapitul 1375. godine. Prema tom popisu Bosanska vikarija obuhvaća sve zemlje od Crnoga mora do Istre, s dijelovima Ugarske i Vlaške, sa sedam kustodija i 36 samostana. Vikarija se dijeli na manje teritorijalne jedinice koje se zovu kustodije.
U većim mjestima osim samostanske crkve postojala je i gradska crkva. U gradnji crkava i samostana sudjelovali su primorski majstori, osobito iz Dubrovnika. Građene su od kamena u vapnenoj žbuci u gotičkom stilu s relativno širokom i dugom lađom. Imale su oblik propovjedničkih crkava karakterističnih za franjevačko graditeljstvo u Europi onoga vremena. Interijer je bio ukrašavan freskama i raznim umjetničkim predmetima. Većina crkava posvećena je Blaženoj Djevici Mariji koja se posebno štuje u Franjevačkom redu. Franjevci su, dakle, u Bosni i u ono vrijeme pratili suvremena zbivanja u Crkvi i Redu. Pojedine su crkve bile opremljene srebrnim i zlatnim posuđem te bogatom odjećom. Svjedoči nam to i papa Pavao II. koji je 1469. naredio crkvama i samostanima u kršćanskim zemljama da vrate bosanskim franjevcima sve knjige, kaleže, crkvenu odjeću, crkveni pribor i arhivu, koje su franjevci za vrijeme provale Osmanlija, a osobito prilikom osvajanja Bosne, prenijeli u samostane okolnih kršćanskih zemalja ili su ih trgovci za male novce kupili.
Osma kustodija Bosanske vikarije osnovana je 1393. u Apuliji s četiri samostana koji su služili za liječenje bolesne braće i za odmor umornih misionara. S vremenom su neke kustodije nestajale, a druge diobom ili uspostavom novih nastajale. Prije pada pod Osmanlije u sjevernoj Bosni podignuto je 11, u srednjoj 10, u zapadnoj 14 i u Hercegovini četiri franjevačka samostana.
Franjevci dušobrižnici
Bosanska vikarija doživjela je procvat za pape Eugena IV. (1431. – 1447.), njegova delegata u Bosni hvarskoga biskupa Tome Tomašića i kralja Tomaša. Djelovanjem papinoga delegata i franjevaca, kralj Stjepan Tomaš prihvaća jedinstvo s Katoličkom Crkvom, postaje gorljivi pobornik i promicatelj katoličke vjere u Bosni. Kralj je sklopio crkveni brak s Katarinom, kćerkom Stjepana Vukčića Kosače, iz jedne od najuglednijih porodica u Bosanskom kraljevstvu. Katarina je postala revnom katolkinjom i franjevačkom trećoredicom. Kralj i kraljica podigli su nekoliko crkava po raznim mjestima Bosne. Podupirani od kralja i kraljice, franjevci su mogli razviti svoju djelatnost po cijelom Kraljevstvu. Bosanska vlastela i knezovi, po primjeru svoga kralja i kraljice, prelazili su na katoličku vjeru.
Eugen IV. imenovao je bosanskoga vikara i njegove nasljednike inkvizitorima u svim krajevima gdje se protezala Bosanska vikarija: u Bosni, Ugarskoj, Moldaviji, Vlaškoj, Bugarskoj, Raškoj i Slavoniji; povjerio im je duhovnu pastvu, ovlastio ih da osnivaju župe i imenuju župnike, dijele svete sakramente, da blagoslivljaju sveto ulje i dijele krizmu. Papa je, također, pridružio Bosanskoj vikariji samostane u Vlaškoj, Moldaviji, Budimu i Segedinu, dva samostana u Dubrovačkoj Republici i tri u Dalmaciji. On hvali zauzetost i okretnost bosanskih fratara u širenju pravovjerja. Uspjeh pripisuje njihovu redovničkom življenju i plodonosnom propovijedanju. Ističe da su u kraljevstvu Tomaševu samo manja braća pravi katolički svećenici koji božanske tajne obavljaju i vjernicima podjeljuju. Isto će to 11 godina kasnije posvjedočiti papa Kalist III. Biskup Tomašić o bosanskom vikaru fra Mihovilu Zadraninu napisao je: Radio je i neprestano radi spomenuti Vikar sa svojom braćom. Čim braća franjevci dođu u mjesta, nastanjena krivovjernicima, ti iščezavaju kao vosak na suncu.
Kralj je Tomaš 1459. odlučno nastupio protiv pripadnika Crkve bosanske. Svi koji ne žele prihvatiti jedinstvo s Katoličkom Crkvom moraju seliti iz Bosne. Mnogi su se sklonili kod Stjepana Vukčića u Hercegovinu.
Podjela Bosanske vikarije
Polovinom 15. st. Bosanska vikarija je došla u velike neprilike, morala je tražiti nove putove svoga života i rada. Diobom je izgubila velik broj samostana. Prva se od Bosanske vikarije odijelila Apilijska kustodija. Generalni vikar cismontanskih opservanata osnovao je u Apuliji novu opservantsku vikariju. Da bi imala dovoljan broj samostana, od bosanske kustodije uzimaju se samostani i priključuju novoosnovanoj vikariji.
I ugarski su franjevci radili na odvajanju od Bosanske vikarije. Učinili su to na kapitulu Vikarije 1444., izabrali su sebi posebnoga vikara i proglasili odvajanje od Bosanske vikarije. Papa Eugen IV. poništio je izbore i naredio da i dalje ostaje jedna Bosanska vikarija. Pod pritiskom sa strane Papa je ipak dopustio uspostavu posebne Ugarske vikarije 1447. i njoj pripojio sve opservantske samostane od Save do Tatarskoga (Azovskoga) mora. Potvrdio je to 1448. i njegov nasljednik papa Nikola V. Bosanska je vikarija ostala u granicama od Save do Jadrana.
Osnivanjem posebne opservantske vikarije u Dalmaciji 1447. također su samostani Bosanske vikarije u tim krajevima priključeni novoosnovanoj vikariji pa čak su i neki ugledniji bosanski fratri premješteni u tu vikariju. Papin delegat u Bosni biskup Tomašić želi samostane u Dalmaciji ostaviti i dalje u Bosanskoj vikariji jer bez njih ne bi mogla normalno djelovati. Ti samostani služe kao odmorište umornima i kao primjereno boravište bolesnicima i starcima. Kad se već nisu mogli sporazumjeti o samostanima, na papin su se prijedlog sporazumjeli da se ponovno ujedine u jednu vikariju pod nazivom Vikarija Bosne i Dalmacije. Međutim, mentalitet i način djelovanja dalmatinskih i bosanskih fratara vodili su podjeli. Učinjeno je to konačno na kapitulu opservanata u Bolzanu 1469. godine. Samostani na Krku, Trsatu i Hvaru dodijeljeni su Bosanskoj vikariji. Još 1465. papa Pavao II. dopustio je da se šest opservantskih samostana u Dubrovačkoj Republici odijeli od Vikarije Bosne i Dalmacije i priključi novoosnovanoj Dubrovačkoj vikariji. Dubrovačka Republika imala je, inače, blagonaklon odnos prema bosanskim franjevcima zbog njihove revnosti u pastoralnom djelovanju.
Najveće zlo zahvatilo je Bosansku vikariju upravo u 15. stoljeću. Bosna je pala pod Osmanlije 1463. godine. Zauvijek su nestale tri srednjovjekovne bosanske ustanove: Bosansko kraljevstvo, samostalna Crkva bosanska i bosansko plemstvo. Mnogi su katolici pa i strani misionari napustili Bosnu. Domaći franjevci predvođeni kustosom fra Anđelom Zvizdovićem odlučili su ostati u Bosni i potražiti način suživota s novom vlašću.
