U visinskom pogledu Mahnjača spada u naše niže planine, a u geološkom pogledu je predstavnik tipičnih peridotitsko-serpentinskih planina Dinarida. Geološka struktura ukazuje na rudno siromaštvo ove planine, izuzev iskapanja serpentinita koji može služiti kao posipni materijal ili tampon u izgradnji putova i pruga. Veliku barijeru u svestranijem korištenju serpentinita predstavlja i azbest koji je primiješan tim stijenama. Geološka struktura i pozicija planine uvjetovali su i njezin planinski reljef, koji ima uglavnom mirnu morfostrukturu bez velikih i naglih uspona i padova, izuzev nešto strmijih strana koje gravitiraju potocima, ali ipak ne prave neprohodne barijere za prolaz ljudi.
Mahnjaču čini niz vrhova i planinskih kosa od kojih neki prelaze 1000 m nadmorske visine. Najviši vrhovi su Mahnjača s 1359 m i Mala Mahnjača s 1202 m, a ističu se i poznati vrhovi Matinski vis s 945 m i brojni vrhovi manjeg značaja. U središnjem dijelu Mahnjače nalazimo nekoliko kraćih planinskih lanaca, koji se pružaju paralelno s rijekom Bosnom i Usorom, dijeleći njihove doline, tako da možemo reći da su to više povezana brda koja ovaj dio planine čine valovitim i veoma živopisnim. Zapadna strana Mahnjače koja gravitira rijeci Usori nešto je strmija i kraća, dok se istočna strana planine lagano spušta ka rijeci Bosni i mnogo je pitomija i samim time naseljenija.
Ostaci planinskog brijesta
U hidrološkom pogledu planina je bogata manjim vodotocima i izvorima, pa s istočne strane nalazimo potok Bistričak, Željeznopoljski potok, Papratnicu i Crni potok. Sa zapadne strane ima nekoliko manjih potoka, jako kratkih vodotoka koji se ulijevaju u Usoru. Na južnom dijelu nalazimo i jezero Bistričak kod Nemile, koje tom dijelu planine daje veoma pitom izgled.
U klimatskom pogledu Mahnjaču odlikuje tipična umjerena kontinentalna klima, s tim da je nešto toplija na nižim nadmorskim visinama. Čitavo područje s umjerenom kontinentalnom klimom ima prosječnu srpanjsku temperaturu oko 23 °C, a siječanjsku oko 0 °C, s godišnjom količinom padalina od 800 do 900 mm. Na višim vrhovima temperature su niže, u prosjeku za 2 do 3 Celzijeva stupnja. Za razliku od drugih Dinarskih planina ova ne obiluje snijegom, jer je većina padalina u obliku kiše. Inače, Mahnjača predstavlja barijeru kretanju atlantske klime koja prodire iz zapadne i sjeverozapadne Bosne na istoku te modificira klimu u dolini Gostovičke rijeke i Krivaje, kao i planine Konjuh. Na samoj planini postoje i veće mikroklimatske razlike, uvjetovane reljefom, osobito u vlažnim dolinama potoka što uvjetuje njihovu specifičnu flornu komponentu.
Za Mahnjaču ne možemo reći da je bogata šumama, jer je kroz povijest bila naseljena i jako velike površine su obrađivane ili su se koristile kao pašnjaci. Od šuma uglavnom nalazimo listopadne s bukvom i hrastom kitnjakom u nižim dijelovima, a na samim vrhovima možemo naći i običnu jelu kao predstavnika četinjača. Tijekom protekloga stoljeća na Mahnjači su u velikoj mjeri pošumljavane goleti, pa danas imamo velike kulture pod crnim i običnim borom te djelomice smrekom. Ipak, među šumama prevladavaju bukove šume na zapadnim padinama planine i hrastove i grabove šume na jugoistočnim. Istočne padine su gušće naseljene, tako da je tamo šuma većim dijelom zamijenjena pašnjacima, voćnjacima i njivama. Veći šumski kompleksi su očuvani u središnjem dijelu planine, kao i jugozapadnom dijelu iznad Blatnice. Karakteristično je da šuma ima i u samim selima i zaseocima. Veoma često se drveće ostavlja i na međama privatnih obradivih parcela i pored seoskih putova, što daje specifičan izgled ovom dijelu Bosne. Šume koje rastu uz potoke dosta su bogatije vrstama od drugih dijelova, pa duž potoka Papratnice nalazimo posljednju očuvanu populaciju planinskog brijesta u Bosni i Hercegovini, a tome pridonosi i specifična mikroklima koja ne pogoduje razvoju brijestovih potkornjaka.
Opasnost od klizišta
Koliko god je pitoma i miroljubiva, ova planina skriva i opasnosti. Zbog devastacije šuma u prošlosti, ali i danas, ovo područje veoma je podložno jakim i iznenadnim bujicama koje predstavljaju veliku latentnu opasnost. Tako smo prije tri godine svjedočili velikoj poplavi i klizanju terena na više lokaliteta zbog jakih bujica, a neka sela su tada i stradala. U Željeznom Polju je klizište odnijelo nekoliko kuća, a u Topčić Polju bujični naplav zatrpao je desetak kuća.
Premda brojnošću nije bogata, fauna planine Mahnjače je raznolika. Od lovne divljači na planini nalazimo srne, divlje svinje i divljeg zeca. Od predatora tu su lisice, jazavci i kune bjelice, dok se vukovi pojavljuju samo u zimskim mjesecima. Od ptičjeg svijeta, u lovnu divljač spadaju fazani, jarebice, prepelice, šumske šljuke i dr. Brojne su i ptice sokolovke, kao i sove, od malih ćukova do velike sove ušare. Tople padine planine s golim peridotitsko-serpentinskim stijenama predstavljaju optimalna staništa za naše najotrovnije zmije, poskoke, šarke i riđovke. One se veoma lako mogu naći na tim staništima za vrijeme vrelih ljetnih dana te predstavljaju stalnu opasnost za neoprezne prolaznike.
Iz Žepča preko Matinskog visa, starim hodočasničkim putom, stiže se do doline rijeke Usore, odnosno do Gospe Konđilske. Ovaj put naročito oživi tijekom svibnja, kada se brojni vjernici upute na ovo jednodnevno hodočašće, a stoljećima prije bio je i najkraća veza između doline rijeke Usore i Bosne.
O selima na Mahnjači također postoji veoma interesantna priča, a ona seže u vrijeme pohoda Eugena Savojskog na Sarajevo. Većina stanovništva dotad je živjela u dolini rijeke Bosne. Prodorom Savojskog, stanovništvo je izbjeglo na Mahnjaču i nakon njegovog brzog povlačenja ostali su u planini i organizirali seoske zajednice, jer im je planina pružila sigurnost. Takva situacija praktički se zadržala sve do dolaska Austro-Ugarske, kada se stanovništvo spušta u dolinu rijeke Bosne, što je potrajalo sve do posljednjeg domovinskog rata. Planina je tada skoro potpuno napuštena izuzev nekih sela na nižim nadmorskim visinama do kojih su urađeni dobri putovi.
