Postojala je ideja o Hrvatskoj kao „predziđu kršćanstva” i Hrvatima borcima „za krst časni i slobodu zlatnu”, koja je uvelike oblikovala protuislamsko raspoloženje kao nacionalnu odrednicu. Istovremeno je stav Katoličke Crkve bio da je Muhamedovo učenje bilo krivovjerje i zabluda koju treba osporiti, a širenje svim sredstvima suzbijati. Hrvatski narodni preporod, kao i ideje slavenske uzajamnosti i južnoslavenstva kojima se opiralo germanizaciji, mađarizaciji i talijanizaciji te oslobođenju od stranih vlasti, također su bili obilježeni snažnim antiislamskim i antiosmanskim diskursom kao ujedinjujućim elementom koji je jasno uobličen u djelima braće Mažuranića Smrt Smail-age Čengića i Pogled u Bosnu. U takvom je ozračju oblikovan i Strossmayerov pogled na islam i muslimane.
Nalazeći se na čelu biskupije na granici s Otomanskim Carstvom, Strossmayeru nije nedostajalo informacija o teškom življenju katolika u teokratskoj islamskoj državi i nedaćama s kojima su se suočavali. Najčešće su ih posredovali bosanski franjevci. Također je osobno bio pogođen osmanskom okupacijom budući da je pravno, ali ne i stvarno bio biskup „bosanski”. Naime, nije mogao vršiti jurisdikciju nad Crkvom u Bosni. Usto, Strossmayer kao katolički biskup druge polovice 19. stoljeća nije mogao razmišljati u kategorijama vjerske slobode i međureligijskoga dijaloga s islamom.
Ideja kršćanske Europe
U političkom smislu, biskup je Europu promatrao kao „obitelj kršćanskih naroda” čiji se međusobni odnosi temelje na evanđeoskim vrednotama. Stoga je islam smatrao „rak-ranom i gangrenom” na tijelu kršćanstva. U Memorandumu upućenom 1876. godine ruskoj vladi Strossmayer je javno iznio kako su Osmanlije „po svojoj vjeri i zakonu apsolutno nesposobni da budu na čelu kršćanskim narodima, jer povlasticama same vjere, koja je kod njih ujedno i građanski zakon, to jest po božanskoj i nepromjenljivoj, kako oni misle, odredbi samo su sljedbenici Korana pozvani da gospoduju, da ljenčare, da uživaju i da se izgredima svakakvih poroka troše ili da se neprestano razdražuju na svaku okrutnost i barbarluk protiv nesretnih kršćana. Koran uči da su kršćani, po apsolutnoj božjoj volji, zanauvijek osuđeni da budu robovi te da život, slobodu i radinost svoju neprestano žrtvuju volji i hiru svojih gospodara. Ropstvo je u drugim zemljama i narodima djelo ljudske volje, a kod Turaka je to Božja odluka. Stoga je sudbina nesretnih kršćana u Turskoj apsolutno nepromjenljiva”. Engleskom državniku Gladstoneu piše kako je „ciela poviest Turaka napisana u tri rieči: glup, arogantan i lien”.
Snažan antiislamski i antiosmanski diskurs kao ujedinjujući element u Hrvatskoj jasno je uobličen u djelima braće Mažuranića Smrt Smail-age Čengića i Pogled u Bosnu. U takvom je ozračju oblikovan i Strossmayerov pogled na islam i muslimane.
Na biskupov odnos prema muslimanima zasigurno je utjecao i njegov politički oponent Ante Starčević koji je nakon propasti hrvatskoga nacionalnog pokreta unutar Habsburške Monarhije sredinom 19. stoljeća započeo idealizaciju osmanskih društvenih i političko-pravnih ustanova, dok je u nastojanju njihove integracije u hrvatsku naciju muslimanima dodijelio epitet „cvijeća hrvatskog naroda”. Čak je afirmativno pisao o proroku Muhamedu, dok se na političkom planu opirao bilo kakvom povezivanju Hrvata s drugim slavenskim narodima. Tako se izravno suprotstavio Strossmayeru, i kao biskupu i političaru kojemu je bilo stalo do širenja katoličanstva i slavenskoga jedinstva. Nasuprot Starčevićevu vjerskom liberalizmu, Strossmayer se svim silama trudio da kršćanske vrednote upravljaju javnim životom i s jednakim se elanom borio protiv svega što se nije uklapalo u kršćanski civilizacijski krug kao što je to slučaj s islamom. Ekskluzivnom hrvatstvu pravaša suprotstavljao je južnoslavenstvo. Držeći kako bi zajednička borba protiv otomanske okupacije pridonijela i tješnjem povezivanju te u konačnici i crkvenom sjedinjenju s Rimom, biskup je aktivno podupirao oslobodilačke pokrete u Srbiji, Bugarskoj, Crnoj Gori te Bosni i Hercegovini. Povezanost političke i vjerske naravi ovih gibanja vidljiva je iz brojnih Strossmayerovih govora i spisa. Tako je više puta s oduševljenjem govorio o potrebi oslobođenja čitave Europe od osmanske okupacije, a simboličan znak postignute slobode bilo bi slavlje liturgije u crkvi Svete Mudrosti u Carigradu na kojemu bi i osobno rado sudjelovao.
Muslimani rado viđeni
Strossmayer je bio živi svjedok višekratnih pobuna i otpora koji su bosanskohercegovački muslimani pružali vlastima u Istanbulu pa je vjerovao kako će postignuta sloboda muslimansko stanovništvo potaknuti na povratak kršćanstvu. Razumijevajući povijesne okolnosti on nije osuđivao islamizirani puk nego je naglašavao njegovu etničku pripadnost Slavenima dajući im tako mjesto u svojoj viziji južnoslavenske zajednice od Jadrana do Crnoga mora. Stoga je održavao prijateljske odnose s više muslimana i rado ih primao u svome biskupskom dvoru u Đakovu. Njegov tajnik Cepelić bilježi kako je „sve to biskupu jedna krv i jedan te isti narod, koga su okolnosti i ljudi razdvojili i raztrojili”. Osobito se trudio kod bosanskohercegovačkih muslimana probuditi hrvatsku nacionalnu svijest. Kontaktirao je s više njihovih čelnika, čak i onih koji su međusobno bili u suprotnim političkim taborima. Tako je podupirao pisanje Mehmed-bega Kapetanovića od kojega je otkupio nekoliko desetaka primjeraka djela Narodno blago objavljenoga u Sarajevu 1888. godine, a poticao ga je i na daljnji literarni rad. Čak su se u međusobnoj korespondenciji nazivali prijateljima. S druge strane, preko svojih je izaslanika uspostavio kontakte s njegovim političkim neistomišljenikom Esad-begom Kulovićem, koji je imao važnu ulogu u javnom životu Sarajeva i politici Bosne i Hercegovine.
Biskup je donekle naivno vjerovao kako će obraćenje na katoličanstvo biti masovno, a po njegovu sudu trebalo je započeti od žena. Tako nunciju Vannutelliju u Beču piše kako je „taj spol vjerni čuvar domaćih predaja, a one su ponajvećma katoličke… Drugo, nitko više negoli ubogi ženski spol ne osjeća grozu muhamedanskog jarma, pa zato nitko više negoli taj spol ne može biti kadar osjetiti i poželjeti onu božansku blagodat koju je svemu ljudskom rodu, a naročito ženama što su u poganstvu i muhamedanstvu tako prezrene i tlačene bile, donio Gospodin naš vječnom riječju, životom i smrću svojom… Ako po daru milosti Božje i Svete Apostolske Stolice Crkvu bosansku dopadne učen, rječit i revan biskup, ako isto tako u Bosni bude vladala puna sloboda savjesti, lako je naslutiti kako će muhamedanstvo u nekoliko desetljeća gotovo prirodnim putem nestati. Žene, pridobivene osobitim blagodatima kršćanske vjere, tako će silno sve za sobom povući”. Stoga je bio neugodno iznenađen austrougarskom politikom koja je u strahu od jačanja slavenskoga, a posebice hrvatskoga elementa u Monarhiji na različite načine sprječavala prijelaz s islama na katoličanstvo. Budući da je u Bosni i Hercegovini zadržan stari osmanski poredak, uz vjerske su prijelaze bili povezani gubici materijalnih dobara i društvenoga položaja, a ponekad čak i drastičnije kazne kao što su uhićenja i progoni. O problemu sprečavanja krštenja i pristupa u Katoličku Crkvu muslimanima koji su to željeli biskup je u više navrata slao dramatična izvješća bečkoj nuncijaturi ne skrivajući osobno zaprepaštenje i razočaranje bosanskih katolika. No, bečki dvorski motivi nisu bili jednaki Strossmayerovim vjerskim i nacionalnim idealima. Austro-Ugarska je na vjerskom polju bila prožeta procesom sekularizacije i vjerske tolerancije, dok je političko dvojno uređenje bilo u opreci s biskupovom željom za afirmacijom slavenstva.
