I zaista, franjevci Bosne Srebrene u Dalmaciji se priklanjaju se Mletačkoj Republici i daju svoj doprinos u Kandijskom ratu. Svoju srdžbu na franjevce Osmanlije iskaljuju ponajprije pustošenjem franjevačkih samostana u Dalmaciji i ubijanjem pojedinih fratara.
Janjičari su se pobunili protiv sultana Ibrahima, svrgnuli ga s prijestolja i ubili 1648. godine. Nastalo je bezvlađe i žestoki progoni, posebice u BiH. Ohridski nadbiskup fra Rafael Levaković pisao je prefektu Propagande iz Zadra 1648. godine da su katolici u Bosni stjerani u bijedno stanje, spasili se bijegom u planine, jedu korijenje trava i koru sa stabala. Bosanski biskup fra Marijan Marović pisao je Propagandi 1655. godine da je zadnjih 35 godina 45 crkava porušeno ili pretvoreno u džamije u onim mjestima gdje je većina katolika prešla na islam. U Bosni je ostalo 10 samostana i još 15 crkava po župama. Svi su bili u teškom stanju, siromašni i prezaduženi.
Samostan u Gradovrhu dugovao je 15 000 austrijskih dukata uz kamatu od 15 %. Osmanlije prijete da će crkvu pretvoriti u džamiju ako se što prije ne otkupi. Slično je i s drugim samostanima. Za isplatu dugova fratri su vjerovnicima zalagali crkveno ruho i posuđe, prodavali kućno i sobno pokućstvo, čak su prodavali i brave s vrata, poslali su 16 fratara u europske zemlje da skupljaju milodare. Osobito je bilo teško stanje dolaskom 1673. godine dolaskom novoga paše koji je izričito govorio da je došao uništiti katolike. Zabranio je slaviti pučke mise, povećao danke, prijetio ubojstvom i samom biskupu. Iz Bosne se tada iselilo 6000 katoličkih obitelji, jer nisu mogle više podnositi bijedu i zlostavljanja. Oni koji nisu mogli pobjeći, izlaz su vidjeli u prijelazu na islam. „Katoličku vjeru zadržale su samo one obitelji koje su bile voljne izgubiti svu svoju nepokretnu imovinu i živjeti kao kmetovi i bespravna raja na posjedima aga i begova”, o tom vremenu piše Dominik Mandić.
Uvođenje džulusa
Uz mnogobrojne poreze: desetina na zemljišne proizvode, najamnina, glavarina, travarina, džizija (harač)… koje su kršćani plaćali, uveden je 1672. godine i poseban porez fratrima, džulus. Svakom novom veziru koji nastupa na službu, fratri su morali platiti određeniu sumu iznos novca i dati nešto u naravi da bi od njega dobili pismeno dopuštenje da smiju obavljati vjerske obrede. Ponekad se vezir u godini dana mijenjao nekoliko puta pa se toliko puta morao plaćati i džulus. U novcu se plaćalo 1400 groša. Iznos su podijelili samostani međusobno: fojnički 600, sutješki 420 i kreševski 380 groša. U naravi se davao: ovan, šećer, kruhovi, sapuni i svijeće. Sve je teklo po određenom ceremonijalu. Na kraju bi vezir gvardijane zaogrnuo binjišem (čohanim ogrtačem) i dao im pismenu potvrdu da su platili džulus.
Posljedice Bečkoga rata
Mnogobrojna osmanlijska vojska došla je 1683. godine pred zidine Beča i nakon dvomjesečne opsade doživjela potpuni poraz. Austrija, Poljska i Mletačka Republika sklopile su savez protiv Osmanlija. Stanovnici Dalmacije, Slavonije i Ugarske pokrenuli su Rat za oslobođenje i započeli istjerivati Osmanlije sa svoga područja. Rat je nazvan Bečkim ratom (1683. – 1699.) kojim je okončana osmanlijska premoć u Europi. Oslobođena je južna Ugarska, Temišvarski Banat, Srijem, Slavonija, Banija, Lika i zagorska Dalmacija. Muslimansko je stanovništvo, zahvaćeno paničnim strahom, napuštalo zaposjednuta imanja u tim krajevima i prelazilo u Bosnu. A katolici, nasuprot, predvođeni franjevcima, iseljavali su se iz BiH i naseljavali se u te krajeve. Među preostalim i doseljenim katolicima franjevci Bosne Srebrene obavljaju župni pastoral. U BiH su nastala sumnjičenja, osvete i progoni preostalih katolika i franjevaca.
Provincijal fra Mihovil Radnić pisao je Propagandi 1686. godine: „Životarimo samo na časove, držeći smrt u ustima, ter se sakrivamo danju i noću po špiljama.” Rat je pratila teška glad i kuga.
Sutješki fratri, bez mogućnosti da u samostanu prežive, skupo su platili dopuštenje od bosanskoga paše da mogu napustiti samostan. Oko samostana podigli su visoku ogradu od trnja, obukli seoska odijela i razišli se po seoskim kućama. Potrajalo je to 17 godina. Trebalo je ponovno platitli dopuštenje da se mogu vratiti u prazan samostan i crkvu. Samostan je tako preživio. U cijeloj BiH ostala su samo tri samostana: u Sutjesci, Fojnici i Kreševu, svi su drugi porušeni, a fratri protjerani. Franjevci su s pukom bježali u slobodne krajeve u kojima franjevačka zajednica, pod istim imenom samostana koji su napustili u Bosni, nastavlja svoje djelovanje. Tako su franjevci iz samostana u Modriči preselili 1685. godine u Kopanicu, a potom u Đakovo, iz samostana u Srebrenici 1686. godine u Mohač, ramski su fratri napustili Ramu 1687. godine i konačno se sa svojim samostanskim bratstvom smjestili u Sinju. Iste godine fratri iz Olova sele u Ilok, a 1688. godine iz Visokoga u Gradišku, iz Gradovrha u Bač. Fratri iz Donje Tuzle 1690. godine nastanili su se u Cerniku, a potom u Šarengradu.
Još za Bečkog rata 1697. godine austrijski vojskovođa Eugen Savojski s vojskom je došao do Sarajeva. Nakon dva dana pljačkanja i paljenja uništio je grad, a potom se povukao u Slavoniju. Palio je i uništavao sve za sobom. S njim je napustilo Bosnu i prešlo preko Save oko 40 000 katolika. Katolici iz Livna, Duvna, Rame i Hercegovine selili su se u Dalmaciju. S njima su išli i fratri.
Do kraja Bečkoga rata odselilo se iz BiH tri četvrtine katolika. Ostalo je oko 25 000 i s njima 26 fratara svećenika i tri brata laika. Svaki je samostana bio zadužen za određeno područje, nazivali su ga kustodijom. Samostan se brinuo za popunjavanje pastoralnih služba na svom teritoriju, za odgoj i školovanje pomlatka, za vođenje svoje ekonomije. Tako je bilo sve do polovine 19. stoljeća. Većina se prebjeglih nikad nije vratila. Broj se katolika u BiH ipak za 70 godina povećao više nego dvostruko.
Banjolučki rat
Austrijsko-njemački car i hrvatsko-ugarski kralj Karlo VI. 1737. godine, želeći osigurati Srbiju i Vlašku i zauzeti BiH, krene s velikom vojskom prema Bosni. Dobro organizirana osmanlijska vojska dočeka ga u Banjoj Luci. Razbijena austrijska vojska vraća se preko Save u Gradišku. Osmanlije su posjekli sve katolike koje su uhvatili. Bosanski je vezir naredio da mu se dovedu sva tri gvardijana i svi ostali koji se konopom pašu. Gvardijani su bili zatvoreni u Sarajevu.
Tadašnji sutješki gvardijan i ljetopisac Benić svjedoči: „I mi dadosmo ondi blaga tri kese i po.” Mito je spasilo gvardijane da su ostali na životu. U Ljetopisu sutješkog samostana Benić je tadašnje stanje u Bosni pod Osmanlijama opisao ovim riječima: „Treba zabilježiti… da uz ovo vrijeme (dok nas taru) danci, komore, džulusi, teftiši, primeti, vojnici, zulumi, i trista nevolja i muka bilo je, da se veće nemogadijaše nikako podnijeti… Ukratko: ni obnoć ni obdan nije mijerno bilo.”
