Planina je smještena između rijeke Sutjeske, Pive i Drine te je na zapadu odvojena od planine Volujak kanjonom Suhe, a planinom Bioč na jugoistoku. Pored najvišeg vrha u ovoj zoni nalazimo veliki broj visoravni i vrhova na njima koji su veoma značajni, kao što su Vučevo s Crnim Vrhom od 1591 m, Rujevac s 1835 m, Sniježnica s 1804 m, Prijevor s vrhom Makaze 1668 m i Mratinjska Gora s 1576 m.
Kako Maglić pripada dinarskim planinama, većinom je izgrađen od vapnenaca. U osnovi građe Maglića su permske stijene, odnosno mezozojski vapnenci, dijabazi i malafiri. Također, na ovoj planini možemo vidjeti i brojne tragove lednika, koji su u posljednjoj glacijaciji ostavili vidne tragove na reljefu, u vidu klanaca i kanjona, kao i ledničkog jezera (Trnovačkog koje pripada Crnoj Gori), koje u stvari predstavlja lednički cirk na 1517 m nadmorske visine. Kako je u pitanju kraška planina njeno podnožje je bogato izvorima vode, a najpoznatiji izvor je Carev Do, koji nikada ne presušuje. Specifičnost reljefa, kao i teža prohodnost ove planine pogodovali su razvoju specifičnih biljnih zajednica, s brojnim endemskim vrstama. Najvažnije endemske i rijetke vrste Maglića su: bedrnica, bresin, čekinjuša bosanska, hajdučka trava, javor gluhač, javor planinski, jeremičak, malijev likovac, jeremičak crveni, kaćun bosanski, kositerka, kotljan, kozlinac, krčagovina ilirska, ljubičica zojsova, medvjeđe uho alpsko, perunika bosanska, tisa, udovica bosanska, večernica dinarska, vranjak.
Nacionalni park Sutjeska
Klima na planini je jako oštra, a vegetacija na većim nadmorskim visinama gdje se ne osjeti utjecaj mediterana je prilagođena kratkom vegetacijskom periodu od 120 dana. Inače, na planini vladaju jako niske temperature te su ekstremni minimumi i ispod -25°C. Zbog sudara dviju klima na susjednom Volujku, submediteranske i kontinentalne klime, planina obiluje padalinama te je godišnji prosjek preko 1000 mm. Zimi je planina neprohodna jer obiluje snijegom koji je veoma često visok i preko 2 m. Ovakve klimatske prilike su uvjetovale pojavu i specifične vegetacije, s obiljem endemskih i rijetkih vrsta koje smo pobrojali.
Sam Maglić je do granice šumske vegetacije obrastao šumom, većinom bukovom i crnogoričnim šumama. Tako šume nalazimo do 1600 m, a iznad te visine su platoi s pašnjacima i kameni sipari. Uz te sipare je vezan i bor krivulj koji tu gradi velike zelene neprolazne otoke. Na prijelazu između granice šume i sipara, s borom krivuljem su se smjestili planinski pašnjaci na kojima su se nalazili katuni stočara iz istočne Hercegovine koji su tu provodili ljeto. Danas su pašnjaci pusti, a tijekom ljeta samo su dva katuna još aktivna.
Ovdje se moramo osvrnuti i na Perućicu koja zauzima najveći dio bosanskog dijela Maglića, a to je najveća sačuvana prašuma u Europi, zakonom zaštićeni rezervat koji se nalazi u sklopu Nacionalnog parka Sutjeska. Dužina prašume iznosi 6 km, a njena širina 3 km, s površinom od 1434 hektara. Iako je u pitanju malo područje, uslijed utjecaja geoloških i klimatskih uvjeta, razvila se izvanredno bogata flora i fauna. Naime, njena vrijednost i značaj ogledaju se prvenstveno u njenom bogatstvu šumskih zajednica koju čine crna i siva joha uz šumske potoke, hrast kitnjaka, grab, crni i obični bor, bukva i bor krivulj, smreka, jela, i mnoge druge vrste kakve, praktično, više i ne postoje u Europi.
Najviši slap u Europi
Sama Perućica predstavlja jednu od najbogatijih prašuma u Europi, a njena ljepota ogleda se, prije svega, u ekstremnoj raznolikosti pejzaža od brojnih, pitomih dolina, gustih šumskih kompleksa, prostranih planinskih pašnjaka, riječnih kanjona i krša, sve do visokih, planinskih vrhova. Također, u prašumi nalazimo Peručićki potok čiji se slap Skakavac spušta niz liticu visoku oko 80 metara što ga svrstava u najviše slapove u Europi.
Kada je u pitanju fauna, možemo reći da na području Maglića nalazimo sve najznačajnije vrste sisavaca koji žive u Bosni i Hercegovini. Tako na visokim stijenama kanjona i sipara imamo divokoze. U pitomijim predjelima nalazimo srne, a tu su i divlje svinje. Od zvjeradi možemo reći da su brojni vukovi, kune, medvjedi, divlje mačke i lisice. Također je bogata i ornitofauna te se na visokim liticama gnijezdi suri orao i orao krstaš. Na nižim predjelima gospodari sivi sokol i jastreb. U šumama četinjača nalazimo i brojne šumske koke kao što je tetrijeb gluhan i lještarke na toplijim mjestima, a na livadama crvenorepog kosa i jarebice kamenjarke. Tu su i druge ptice koje ovdje zbog ograničenog prostora nismo spomenuli, a na planini je zabilježeno 114 raznih vrsta ptica.
Ljepota Maglića je kroz Nacionalni park zaštićena, ali nad njom se nadvila prijetnja. Razlog je sveprisutna ljudska glad za energijom i vlasti, koja iz toga beskrupulozno crpi enormne profite bez obzira na posljedice, te korumpirana vlast koja radi svojih sitnih financijskih interesa ili kratkoročne politike u bescjenje rasprodaje najvrjednije prirodne ljepote, za izgradnju malih hidroelektrana na rijeci Sutjesci.
Mala hidroelektrana Sutjeska 2 planirana je u podnožju Maglića, odnosno blizu prašume Perućica (1 km zračne linije), koja je u prvom režimu zaštite i ne bi smjela imati nikakav negativan utjecaj. To bi bilo nemoguće izbjeći izgradnjom elektrane, zbog utjecaja buke, mogućeg zagađenja, te sigurne promjene mikroklime na što bi utjecao poremećaj u režimu površinskih i podzemnih voda. Tom izgradnjom bi se na listi ugroženih staništa ptica našli suri orao, kosac, planinska ševa. Poseban utjecaj bio bi na vrste vodeni kos i gorska pastirica. Sutjeska je i stanište vidre, koja je kritično ugrožena vrsta, a zaštićena je i zakonom o lovstvu RS i FBiH.
Zalaganjem stručnjaka sa Šumarskoga fakulteta u Sarajevu, Perućica je zbog svoje ljepote i prirodnog bogatstva 1952. godine proglašena strogo zaštićenim dijelom prirode koji se isključivo koristi za znanstvene i obrazovne svrhe, dok je 1954. godine stavljena pod zaštitu države kao prirodni rezervat. Od 1962. godine Perućica je u okviru Nacionalnog Parka Sutjeska.
U prašumi Perućica se mogu pronaći stabla visoka preko 50 metara, a trenutno najviše izmjereno visoko je 57,4 metra. Dosadašnji rekorder, stablo visoko 62 metra nedavno se srušilo od starosti i truleži na žilju.
Do sada je u Perućici registrirano preko 170 vrsta drveća i grmlja, te preko 1000 vrsta zeljastog bilja, od kojih su brojni endemi.
