Iz povijesnih izvora saznajemo kako su stari Rimljani za različite vrste proslava pekli kvasni kruh – panem triticum – s jajima, medom i grožđicama. No, tek u renesansi nalazimo dokaz o Panettoneovom receptu sličnom onomu iz suvremenih slastičarnica. Također, postoje povijesni tragovi koji ukazuju kako je kuhar Batrolomeo Scappi, koji je služio papu Pija V., pravio kruh punjen grožđicama, a koji je bio sastavni dio profinjenoga jelovnika u svečanim prigodama. Riječ Panettone je sastavljen od riječi „panetto” (štruca) i „one” (veliki).
Zahvaljujući ovim povijesnim tragovima, sa sigurnošću znamo kako je „predak” današnjega Panettonea bio uobičajena poslastica tijekom renesanse. A kada je postao božićna torta? Oko Panettonea su se razvile različite legende i mitovi. Najpopularnija legenda kaže kako je napravljen u predvečerje Božića u 15. stoljeću na dvoru Ludovico ili Moro u Milanu. Naime, kuhar je pripremao božićni puding koji je nenadano zagorio, ali je večeru spasila domišljatost sluge Tonija koji je time napunio štrucu kruha s grožđicama, šećerom i orasima. Vlasniku dvorca se ovaj kruh toliko svidio da ga je nazvao Pan de Toni (Tonijev kruh).
Istina ili ne, čini se kako je legenda ipak ukorijenjena u stvarnosti. Zahvaljujući evidencijama katoličkoga internata Borromeo u Paviji sa sigurnošću znamo kako je Panettone do 1500-ih postao nezaobilazna božićna tradicija jer, prema zapisima, 1599. godine učenici su posluživali „božićni kruh” s maslacem, grožđicama i začinima.
Štoviše, zapisi datirani u 16. stoljeće pokazuju da su i milanski pekari izrađivali Panettone u tjednima prije Božića. U želji da se prekine tradicionalna navika spremanja bijeloga kruha za bogate kupce i prosa za siromašne, Panettone se podjednako dijelio i bogatima i siromašnima.
Tijekom 18. stoljeća Pietro Verri imenovao je Panettone tradicionalnom božićnom tortom milanske povijesti, ali je tek 1920-ih godina ova poznata torta dobila današnji izgled u obliku kupole. To dugujemo milanskom pekaru Angelu Motti, članu Konjičkog reda Svetoga groba jeruzalemskoga koji je ovaj oblik izradio po uzoru na tradicionalni ruski kolač Kulich koji se obično peče za Uskrs.
Danas se tijekom blagdana u Italiji proda oko 54 milijuna Panettona, a i papa Franjo je postao ljubitelj ove tradicije. Otkako je njegovo papinstvo započelo 2013. godine, primao je poseban Panettone koji je pripremao sicilijanski kuhar Nicola Fiasconaro. Peče se s „manom”, poznatom biblijskom tvari koja se nalazi u kori jasena.
