Opće je poznato da je u novom vijeku nastupila uzajamna isključivost između religije i prosvjetiteljstva, između kršćanske vjere i prosvijetljenog uma, tj. između religije i znanosti, kratko rečeno, između vjere i znanja. Filozof koji je nekoć bio kritičar religije kao ostatka prošlosti danas jasno zagovara dijalog vjere i znanja kao jedino rješenje za cijelo čovječanstvo. U njegovoj epohalnoj povijesti filozofije, koju je skromno naslovio Još jedna povijest filozofije (Auch eine Geschichte der Philisophie; prvi svezak obaseže 918, a drugi 820 stranica, oba objavljena 2019. godine), nit vodilju čini diskurs (razgovor) o odnosu vjere i znanja. Habermas, naime, ističe one filozofe koji zauzimaju dijaloška polazišta, jer se oni – kao Karl Jaspers i John Rawls – odnose prema religioznim predajama kritički, a istodobno su spremni od njih učiti.
Novi pristup religiji najbolje se vidi u Habermasovu govoru održanom prilikom primanja nagrade za mir Njemačkog udruženja izdavača i knjižara 2001. godine. Taj je govor iste godine objavio kao knjigu pod naslovom Vjera i znanje (Glauben und Wissen). U ovom govoru Habermas odgovara na najaktualnija pitanja današnjega svijeta, a održao ga je nakon 11. rujna 2001. kad je izveden teroristički napad na Svjetski Trgovinski Centar u New Yorku. Odgovarajući na suvremena pitanja Habermas ističe da je bilo teoretskih sukoba između organizirane znanosti koja se boji religijskoga opskurantizma i organizirane religije koja se okreće protiv scijentističke (prirodoznanstvene) vjere u napredak svijeta, što vodi u naturalizam koji potkopava moral: „Ali 11. rujna napetost između sekularnog društva i religije eksplodirala je na sasvim drugi način” (Habermas). On stoga nastoji pokazati razliku između znanja i vjere te tako ljude pozvati na razgovor kako bi izbjegli još veću polarizaciju, jer je svjestan kako ih dosadašnje nastojanje za ukidanje religije vodi u još veće sukobe umjesto u civilizacijski napredak. Suvremene svjetonazorski i religijski neutralne države u sporu između zahtjeva znanja i zahtjeva vjere neće stati na jednu stranu, nego će biti spremne učiti od obiju strana, pritom ne žrtvujući svoju samostojnost.
U knjizi Između naturalizma i religije. Filozofski članci (objavljenoj 2005. godine) Habermas vrlo uvjerljivo i argumentirano dokazuje da druge osobe i drugo Ti čine čovjeka subjektom i individuumom. Time Habermas stvaralački nadilazi filozofiju novovjekovnog subjektivizma i individualizma, koji se pretvorio u egoizam. Umjesto filozofije subjektivnog uma on zastupa filozofiju intersubjektivnog uma, jer ljudsko biće dolazi na ovaj svijet kao posve bespomoćno biće. Time je rečeno da je ti starije od ja, o čemu je prije još govorio Friedrich Nietzsche. Također je Max Scheler tvrdio da je tistvo najfundamentalnija kategorija ljudskoga mišljenja. U razgovoru s kardinalom Josephom Ratzingerom 19. siječnja 2004., koji je objavljen kao njihova zajednička knjižica pod naslovom Dijalektika prosvjetiteljstva. O umu i religiji, Habermas vodi dubokoumni i otvoreni razgovor s tadašnjim prefektom Kongregacije za nauk vjere. Odjeci ovoga razgovora stigli su sve do Maroka i Irana. To je bio susret jednoga od najpoznatijih filozofa sadašnjosti i tadašnjega kardinala nadležnoga za nauk katoličke vjere. Na poleđini knjižice bilo je istaknuto da njih obojica spadaju u najveće mislioce sadašnjosti i da oni zastupaju cijeli intelektualni svijet. Obojica se pitaju može li moral ograničiti i ukrotiti ljudsku moć; obojica su svjesni patologija (bolesnih pojava) na području religije i na području uma; svjesni su korelacije (uzajamne ovisnosti) kršćanske vjere i zapadne (sekularne) racionalnosti; obojica ističu da je za obje komponente zapadne kulture (vjeru i znanje) važno da čuju druge kulture, da se upuste u istinsku korelaciju s njima, da dođu do onoga zajedničkoga što cijeli svijet drži na okupu.
