Jedna od takvih tužnih epizoda gdje se djelovanje Crkve demonizira je srednjovjekovni progon vještica. Katoličkoj Crkvi predbacuje se da je odgovorna za smaknuće devet milijuna vještica. Neutemeljeno uzimanje brojki žrtava osobito je bilo prisutno u novom vijeku. Liberalni protestantski teolozi 19. stoljeća, nacional-socijalisti i neopoganski feministički pokreti tu su brojku uvijek nanovo koristili kao propagandno oružje protiv Katoličke Crkve. Voltaire bez ikakvih dokaza i navoda spominje brojku od sto tisuća (Ulrich Filler). Naime, izrazita pojava vještica i vještičarstva dogodila se u Srednjem vijeku, premda mnogi crkveni autori smatraju da je to bio problem i Novoga vijeka, jer uvođenjem narodnog jezika u protestantizmu nastao je niz tzv. vještičjih propovijedi nakon čega je uslijedila pomama za tim zvanjem (U. Filler).
Crkva je glede progona vještica od samog početka bila jasna, od 785. godine crkveni sabor u Paderbornu oštrim kaznama prijeti onima koji se usuđuju na način pogana progoniti neku ženu kao vješticu. Slične pravne odredbe potječu iz 906. godine (Canon Episcopi, Trier) i iz 1140. godine (Gracijanovi dekreti). Katolička inkvizicija, koju optužuju za sve zlo u Crkvi Srednjega vijeka, nije išla za tim da istrijebi žene vještice, već za tim da istrijebi herezu, Crkva je utvrđivala tko je heretik, a državne vlasti su primjenjivale kaznu, inkvizitori su morali biti oslobođeni izvršavanja kazne. Čak je u katoličkim područjima zahtjev za progonom vještica najčešće polazio od puka, jer se vjerovalo da one donose sve životne poteškoće (U. Filler). Mučenje također nije stvoreno isključivo za procese protiv vještica, bilo je to jedno od pravnih sredstava rimskoga prava, a usred suradnje sa svjetovnim pravosuđem, našlo je pristupa i u crkvene inkvizicijske postupke, kasnije se znakovito nazvalo svjetovnim pravnim sredstvom. Primjena mučenja bila je ograničena različitim mjerama opreza: moglo se primijeniti jedino u slučaju postojanja teške sumnje (E. Petersdorff). U 16. stoljeću, okrutno kažnjavanje smrću postojalo je i kod protestanata. Martin Luther i Jean Calvin su na osnovi Biblije opravdavali i argumentirali sudske progone vještica, a carica Marija Terezija u procesu protiv heretika koristila je lomaču za one koji su općili sa životinjama.
Međutim, trn u oku svim protivnicima katoličanstva je takozvana bula o vješticama (Summis desiderantes affectibus) pape Inocenta VIII. i knjiga dvojice dominikanaca Henrika Institorisa i Jakoba Sprengera, tzv. Malj za vještice (Malleus Maleficarum) objavljena 1486. godine. U njoj se na 800 stranica iznosi čitav sustav o vješticama i čarobnjaštvu te upute za inkvizitore napisane na latinskom jeziku. Daleko od tog da knjiga nije antifeministička, ali čitajući je možemo doći i do zaključka da su se žene masovno bavile nekim okultnim umijećima za što su bile strogo kažnjavane jedino po priznanju ili po sigurnom dokazu, ali ne teže od svećenika koji su se bavili istim praksama (Malj za vještice). Također ta knjiga nikada nije korištena kao službeni crkveni dokument, radi se zapravo o privatnom komentaru na papinsko pismo.
Ne možemo nijekati povijesne činjenice, postupci protiv žena vještica sigurno nisu nešto čime bi se Katolička Crkva trebala ponositi. Sveti papa Ivan Pavao II. je toga bio itekako svjestan kada se javno ispričao u ime Crkve za sve zločine koji su se u njoj dogodili. Crkva je zajednica svetih i grješnih. Međutim, povijesnost ovog perioda ne možemo promatrati isključivo kroz zločine Katoličke Crkve, a osobito ne manipulirajući i falsificirajući podatke o brojevima žrtava koje je skrivila Crkva. A to općenito rade oni koji danas legaliziraju eutanaziju, abortus, pedofiliju, iniciraju umjetne ratove i koji promoviraju kulturu smrti.