Tijekom svoga života nakon obraćenja Franjo Asiški je nastojao biti konkretni svjedok vjere i Kristova evanđelja ponajprije vlastitim primjerom, a ne autoritetom ili propisima. Svoje bratstvo (fraternitas) gledao je prije svega kao zajednicu ljudi utemeljenu na uzajamnom služenju, poniznosti i poslušnosti, a ne na strogoj institucionalnoj organizaciji.
Za vrijeme Franjina boravka u Egiptu i Svetoj zemlji (1219. – 1220.), dvojica vikara kojima je on sam povjerio upravljanje Redom za vrijeme njegova putovanja na Istok počela su uvoditi strože odredbe po uzoru na tradicionalne monaške zajednice. Na Generalnom kapitulu 1219. donesene su nove konstitucije koje su naglašavale stroge postove i organizacijska pravila, suprotno Franjinu shvaćanju evanđeoske jednostavnosti. Istodobno pojedina su braća bez njegova znanja od Rimske kurije ishodila različite povlastice i dopuštenja, dodatno narušivši jedinstvo bratstva.
O svemu tome Franju izvještava brat Stjepan iz Narnija koji je samoinicijativno i hitno došao u Svetu zemlju do Franje jer je to izazvalo ozbiljne probleme u bratstvu. Slušajući potresne riječi brata Stefana iz Narnija, Franjo je dobro shvatio što se događa u Asizu, i to ne samo u pitanjima posta. Shvatio je da nemiri koji su se već pojavili tijekom Kapitula na rogožinama, održanoga na Duhove 1219., nisu uopće utihnuli te da se tijekom njegove odsutnosti pokušava franjevačko bratstvo uskladiti s pravilima bližim provjerenoj monaškoj tradiciji. Također je izvijestio da je brat Ivan iz Campella zatražio i dobio od Rima dopuštenje da osnuje vlastiti, samostalni red, okupljajući neke nezadovoljne fratre i pojedine muškarce i žene dovodeći ih u Asiz iz cijele Umbrije.
S obzirom na težinu događaja i sukoba koji su se razvili u bratstvu, Franjo se u prvim mjesecima 1220., nakon više od šest mjeseci boravka na Istoku, vratio u domovinu, najprije u Veneciju pa u Bolognu. No u grad Bolognu nije želio ući jer je bio obaviješten o lijepoj kući od opeke i kamena koju su Manja braća, od kojih su neki bili i sveučilišni profesori, izgradila sebi u samom središtu grada, a što je Franjo smatrao odstupanjem od ideala siromaštva. Potresen razvojem svih tih događaja, nije pokušao silom vratiti stanje na prijašnje, nego se obratio papi Honoriju III. Zatražio je imenovanje novoga kardinala zaštitnika Reda te je tu službu preuzeo kardinal Hugolin, budući papa Grgur IX.
Dok se Franjo vraćao u Porcijunkulu razmišljajući o vlastitom odreknuću, papa Honorije III. izdaje 22. rujna 1220. bulu Cum secundum consilium, kojom Manjoj braći nameće godinu novicijata i zabranu napuštanja Reda, što se, čini se, kod nekih događalo prilično olako. Isti je papa već je 29. svibnja 1220. izdao bulu Pro dilectis, u kojoj je Franjino bratstvo postalo Ordo fratrum minorum (Red Manje braće).
Franjo je uvidio da brojno narasli Red više ne može voditi na način koji je smatrao evanđeoskim, ono njegovo sine glosa. Osjećao je da nije pozvan upravljati ljudima, donositi kazne i nametati autoritet, nego prije svega biti ponizni sluga i primjer nasljedovanja Krista. Bolest, iscrpljenost i sve veće neslaganje među braćom dodatno su učvrstili njegovu odluku.
Konačno, na Generalnom kapitulu 29. rujna 1220. odrekao se službe poglavara Reda i vodstvo predao Petru Kataniju, kanoniku i stručnjaku za pravo, koji je postavljen za vikara Reda. Okupljenoj braći izgovorio je znamenite riječi: Amodo sum mortuus vobis (lat. Od sada sam mrtav za vas) te se u znak poslušnosti poklonio svom poglavaru. Time je pokazao da mu je jedinstvo bratstva važnije od osobne vlasti. Siromah iz Asiza povukao se na svoj način, s poniznošću. Povjesničari ističu kako je Franjo odricanjem želio izbjeći sukob s dijelom Reda i Rimskom Crkvom. Svjestan da više ne može upravljati zajednicom isključivo osobnim autoritetom i primjerom, prepustio je pravno vodstvo drugima, dok je sam ostao duhovni uzor braći.
Nakon smrti Petra Katanija 1221. službu vikara preuzeo je brat Ilija. Ipak, prvi službeno izabrani generalni ministar Reda postao je tek nakon Franjine smrti brat Ivan Parenti na generalnom kapitulu u Porcijunkuli 30. svibnja 1227. godine. Generalni ministar Ivan Parenti obavljao je tu tešku službu sve do 1232. godine, kada je, protiv svoje volje, ponovno ustupio mjesto bratu Iliji, koji je tako postao drugi izabrani generalni ministar Reda.
Franjino odricanje označilo je prijelomni trenutak u povijesti franjevačkoga pokreta. Od tada se oblikuju dvije razine vodstva: pravna i upravna, koju vodi Red u okviru Crkve, te duhovna, čiji je trajni uzor ostao sam brat Franjo. Njegovo najveće svjedočanstvo nije bilo upravljanje, nego autentično življenje poniznosti, malenosti, poslušnosti, siromaštva i evanđeoske ljubavi, pa čak i onda kada je zbog toga ostao neshvaćen među vlastitom braćom.
Franjo tako nije stekao mučeništvo u Damieti, nego na povratku u Umbriju, među tolikom svojom braćom koji ga više ne razumiju i ne žele slijediti u njegovoj zadaći autentičnoga i radikalnog svjedočenja nasljedovanja Krista.
