Osmanlije su samostane u Ljubuškom i Mostaru uništili 1563. godine. Ljubuški su se fratri tada priključili samostanu Bosne Srebrene u Zaostrogu i odatle posluživali preostale katolike na području prijašnjega samostana u Ljubuškom. Mostarski su fratri nekoliko godina boravili u samostanima u Imotskom i Makarskoj da bi početkom 17. stoljeća podigli samostan u Živogošću i odatle posluživali preostale katolike prijašnjega mostarskog samostanskog područja. Od 1700. godine Hercegovinu preuzima kreševski samostan sve do 1844. godine kada se hercegovački franjevci praktično odvajaju od bosanskih. To je bila posljednja dioba Bosne Srebrene. Do podjele je došlo iz praktičnih, političkih i crkvenih razloga.
Razlozi podjele
Uništenjem samostana i crkava u 16. stoljeću, u Hercegovini nije više bilo ni jednoga čvrstog crkvenog objekta. Fra Radoslav Glavaš opisuje to ovako: „Nigdje crkve, da se svome Bogu pomoliš, nego vedro nebo, – da, koji kitnjasti hrast u zabitnoj šumi, to je bio hram, gdje je Hercegovac svoje potrebe prikazivao Bogu, gdje je sa strahom slušao riječ Božju i krijepio dušu svoju svetotajstvima vjere (…) Sedam osam župnih kuća, koje su naličile više seoskim kućarama, nego li pristojnim župnim stanovima, to je bilo sve, što je imala Hercegovina.” Kreševski je samostan bio matična kuća hercegovačkih fratara. Najbliža crkva za cijelu Hercegovinu bila je u Kreševu, udaljena oko tri dana hoda. Kada oboli koji župnik u Hercegovini, kreševski samostan nije mu uvijek mogao poslati zamjenu pa su vjernici ostajali i po nekoliko mjeseci bez svećenika.
Župe u Hercegovini bile su glavni izvor prihoda od kojih se kreševski samostan, iako najsiromašniji u Bosni, ipak mogao uzdržavati. Sva tri samostana u Bosni brinuli su se za odgoj i školovanje pomlatka, za materijalne i pastoralne potrebe svoje kustodije, za plaćanje nameta i poreza državnim vlastima. Bez župa u Hercegovini kreševski bi samostan ostao s tri župe od kojih su prihodi, kako kaže Strukić, „tako neznatni, da se njima ne mogu ni troškovi za crkvene svijeće namiriti, a kamo l’ da se hrane redovnici, drže sluge, isplaćuju samostanski i obći troškovi”.
Glavna prepreka za diobu bio je ipak generalni ministar Reda. Činilo mu se da nekoć prostranu provinciju, svedenu na granice Bosne i Hercegovine pod istim režimom, ne treba dalje dijeliti. Za gradnju novoga samostana trebalo je dobiti i ferman iz Carigrada, i za to je trebalo mnogo novca. I pored svih tih teškoća i prepreka, razumljivo je i opravdano nastojanje hercegovačkih franjevca sagraditi samostan i crkvu u Hercegovini i razmišljanje o odvajanju od Kreševa pa i od Bosne Srebrene.
Političke i crkvene prilike u Hercegovini bile su povoljne za diobu. Osnivanjem Hercegovačkoga pašaluka 1832. godine, Hercegovina je na državnoj razini odvojena od Bosne. Na čelu Hercegovačkoga pašaluka postavljen je moćni gospodar Hercegovine Ali-paša Rizvanbegović koji je radio na tome da se Hercegovina i crkveno odijeli od Bosne.
Jedno od rješenja sukoba Barišića i bosanskih fratara naslućivalo se u podjeli Apostolskoga vikarijata na bosanski i hercegovački. To se stvarno i dogodilo. Kada je konačno na sudu u Carigradu 24. ožujka 1846. godine biskup Barišić, na mig iz Rima, podnio ostavku na službi apostolskoga vikara u Bosni i na upravi provincijom Bosnom Srebrenom, Sveta je Stolica uspostavila Apostolski vikarijat u Hercegovini i postavila za njezina prvog apostolskog vikara fra Rafu Barišića. Tako se Hercegovina i crkveno odijelila od Bosne. Biskup je Barišić zajedno s hercegovačkim fratrima radio i na odvajanju hercegovačkih fratara od bosanskih. U drugoj polovini 19. stoljeća lakše se i brže dolazilo i do dozvola iz Carigrada za gradnju samostana i crkava u Bosni i Hercegovini. Sve je to pogodovalo osamostaljenju hercegovačkih franjevaca od Bosne Srebrene.
Odlazak iz Kreševa
Nastale okolnosti hercegovački su fratri znali iskoristiti. Cilj im je bio ponajprije podići samostan u Hercegovini. Time bi bili bliže svom narodu, brže i kvalitetnije mu pružali vjerske, prosvjetne i socijalne usluge, odgajali u njemu franjevački pomladak iz obitelji s istim mentalitetom, osjećajima i životnim navikama. Stoga su se ugledniji hercegovački franjevci nekoliko puta sastajali i dogovarali što trebaju učiniti da se dobije dozvola za gradnju samostana. Slali su molbe Propagandi u Rim, nunciju u Beč i Generalnoj upravi franjevačkoga reda. Barišić je ne samo preporučivao fratarske molbe nego je i u svoje ime tražio da se gradi samostan u Hercegovini. I general je Reda uvidio potrebu gradnje te je 30. studenoga 1843. godine dao svoj pristanak. Time je svladana glavna prepreka. Barišić je 13. prosinca 1843. godine isposlovao od Propagande dopuštenje da se može u Hercegovini sagraditi crkva i samostan. S papinim odobrenjem Propaganda je 6. veljače 1844. godine dostavila pismenu odluku o gradnji samostana. Barišić je isposlovao i dopuštenje da hercegovački novaci mogu nastaviti svoju novicijatsku godinu na župi u Hercegovini.
I konačno je došao dan 19. svibnja 1844. godine kada su hercegovački franjevci s novacima i sjemeništarcima napustili Kreševo i zaputili se u Hercegovinu. Svim fratrima rodom iz Hercegovine bilo je dano na volju ostati u Bosni Srebrenoj ili ići u Hercegovinu. Od njih 32 petorica su se odlučili ostati, među njima i fra Grgo Martić, a svi drugi za odlazak u Hercegovinu. Bosanski su se fratri nadali da će se hercegovački fratri ipak povratiti u provinciju Bosnu Srebrenu. To se nije dogodilo.
S velikim naporima i žrtvama hercegovački su franjevci prebrodili sve početne i daljnje nevolje i tegobe koje su pristizale. Ponajprije su novake i sjemeništarce smjestili u župnu kuću u Mostarskom Gradcu. Posredovanjem Ali-paše Rizvanbegovića te bečkoga i mletačkog dvora dobili su 1845. godine i ferman iz Carigrada za gradnju samostana. S gradnjom samostana na Širokom Brijegu započeli su 1846., u njega su uselili 1849. godine. Potom su podigli samostane na Humcu i u Mostaru. Godine 1852. postali su samostalna kustodija, a 1892. Hercegovačka franjevačka provincija Uznesenja BDM. To je zadnja kći starodrevne provincije Bosne Srebrene koja otada ostaje samo na teritoriju Bosne.
Hercegovačka je provincija između dva svjetska rata razvila veliku djelatnost na svim područjima franjevačke djelatnosti. I pored brojnih mučenika i raznoraznih nevolja i stradanja u Drugom svjetskom ratu, Provincija je oživjela i brojčano rasla te danas uspješno pastoralno djeluje ne samo u Hercegovini nego i u Americi, Kanadi, Švicarskoj, Njemačkoj i Austriji. Razvila je kulturno-izdavačku, karitativnu, prosvjetnu, obrazovnu i znanstvenu djelatnost. Bavi se župnim pastoralom, posvećuje se duhovnom vodstvom vjernika, vodi nabožna društva, širi pučke pobožnosti. Danas je poznata cijelom katoličkom svijetu po Gospinu svetištu u Međugorju.
